Agenti J (Will Smith) a K (Tommy Lee Jones) se vrací...v čase. Za svých patnáct let u Mužů v černém zažil agent J pozoruhodné věci, ale nic pro něj není tak záhadné a tajemné jako jeho zasmušilý a málomluvný partner. Když je ale v sázce osud planety i život samotného K, je agent J nucen vrátit se v čase, aby dal věci do pořádku. J zjišťuje, že ve vesmíru existují tajemství, o kterých mu K nikdy neřekl – tajemství, která vyjdou najevo ve chvíli, kdy J spojí síly s mladým agentem K (Josh Brolin), aby zachránil budoucí verzi agenta K samotného, organizaci, pro kterou pracují, a také budoucnost lidstva.